Histoire :
Le Nautilus, qui n'est rien de moins qu'un assemblage de bouts de métal, brisé, sombre dans les eaux, environné d'un linceul constitué d'échardes métalliques. Il prend l'eau très rapidement. Au dessus, le vaisseau ennemi poursuit son bombardement : la plupart des charges explosent, endommageant encore plus le sous-marin.
Tous les systèmes sont morts, ou en instance de l'être. Le temps est venu de quitter le navire. Malheureusement, une seule section minuscule du Nautilus est encore intacte, et un rassemblement général est lancé à la principale capsule de sauvetage. Malheureusement, lorsque tous l'atteignent, ils la découvre scellée, et la plupart de l'équipage doit se jeter à la mer tandis que la capsule flotte et s'éloigne silencieusement.
Quelques minutes plus tard, le corps principal du vaisseau s'auto-détruit dans une gigantesque explosion nucléaire, happant les ennemis imprudents qui s'étaient aventurés trop près. Mais, indécelable et sans énergie, le pont de commandement continue de couler. Argon contemple les débris qui disparaissent progressivement de l'écran de contrôle, et tout le monde s'accorde à dire que leur mission est un succès. Argon contacte un certain Néo, quelqu'un d'apparemment important dans la hiérarchie des Néo-Atlantes...
Némo enlève sa Pierre Bleue de sa boîte et la met dans sa poche, puis demande à Nadia, Jean, Marie et Attila de l'accompagner. Ils se rendent dans les quartiers de Némo, une capsule de sauvetage en fait, où Némo leur dit que la capsule ne peut pas contenir beaucoup de personnes, mais qu'elle remontera à la surface et flottera. Jean tente d'argumenter, mais Némo secoue la tête, enlève sa casquette et la donne à Jean, lui disant de protéger Nadia. Il tente d'embrasser la jeune fille, mais celle-ci fait un pas en arrière. Puis Marie se rappelle à l'attention de Némo. Il l'embrasse et donne la main de Marie à Jean, avant de leur dire finalement adieu. Nadia le rappelle, trop tard, mais la porte se ferme et les trois enfants et le lionceau se retrouvent enfermés. En dehors, Némo, de frustration donne un coup de poing dans le mur, puis retourne vers le pont où il trouve Electra pointant une arme sur lui !
Electra tire, et du sang gicle sur des instruments de bord. La balle a traversé le bras droit de Némo avant de toucher le mur, y faisant un trou d'où l'eau commence à envahir l'habitacle. Elle commence alors à raconter l'histoire tragique de son passé avec plus de précision. Cela fait exactement 13 ans à ce jour que les problèmes commencèrent, lorsque l'une des trois tours de Babel fût perdue. La femme de Némo fût assassinée, et l'ancien meilleur ami de Némo, un homme nommé Argon, parvînt au pouvoir en utilisant le fils de Némo, Néo. Argon promît aux Atlantes qu'une Nouvelle Atlantide s'élèverait avec lui, et tentât de restaurer la Tour perdue. Némo, cependant, ne voulût pas entendre parler de cette restauration et fît tout pour l'empêcher. La Pierre Bleue, au cœur de la Tour, se fissura et envoya ses rayons mortels à travers la cité située en contre-bas qui fut dévastée par les explosions qui en découlèrent, puis par les flots qui s'engouffrèrent et engloutirent la ville. Cependant, une jeune fille, Electra, survécût au cataclysme, mais elle était la seule rescapée.
Après deux jours d'errance, un homme, menant un groupe de survivants, la découvrît. Elle fût au départ heureuse d'être sauvée, mais, plus tard, elle entendit une conversation avec un ami de cet homme concernant sa responsabilité dans la destruction de la ville natale d'Electra. Ils discutèrent aussi du projet de cet homme d'élever Electra comme sa fille, comme un remplacement pour l'enfant qu'il avait perdu auparavant. Cet homme était Némo.
"Je ne vous en veux pas d'avoir détruit la Tour," dit-elle en larmes. "Mais parce que vous avez tué tous ces gens... Je vous aimais parce que vous étiez fort. Vous l'étiez jusqu'à la réapparition de Nadia. Votre cœur a changé, et s'est remis à battre comme celui d'un père."
Nadia, de l'autre côté de la porte, a entendu l'échange de paroles et prie Electra hésitante, en criant, de ne pas tirer. Elle tire quatre fois, ratant chaque fois Némo. "Il ne me suffit qu'une balle pour vous tuer", dit-elle, mais de nouveau, hésite l'instant d'après.
Electra : Pourquoi ne pas être mort avec Argon ?
Némo : Je ne voulais pas faire deux fois la même erreur. Nous avons perdu une ville, puis une patrie. Cela doit cesser, mais je dois payer pour mes pêchés... Vous êtes la raison pour laquelle j'ai survécu.
Electra : Je ne peux plus vous tuer maintenant !
Elle élève le pistolet à sa tempe, tentant de se suicider. L'image passe aux quartiers de Némo où Nadia, horrifiée, entend un coup de feu. Mais Némo s'est précipité sur Electra et lui a arraché l'arme à temps. La balle perdue a brisé un hublot d'où l'eau, de plus belle, continue à remplir la cabine. Electra tombe à genoux dans l'eau, pétrifiée, tandis que Némo lui dit "La vie est quelque chose de rare et précieux. Il faut vivre, mais non dans la haine".
Il attrape un levier sur un mur, et clame "Nadia ! Vit !" Il abaisse le levier et la capsule se détache de ce qui reste du Nautilus, cherchant à rejoindre la surface. Attila saute accidentellement sur un disque qui s'active et montre un hologramme en 3D représentant quatre personnes vêtues en Atlantes : deux hommes, une femme portant un bébé dans les bras, et un jeune garçon.
Tandis que le Nautilus sombre dans la nuit abyssale, Jean et Nadia se demandent quel destin les attend...
