Histoire :
Le vaisseau d'Argon s'éloigne de la cité détruite. A bord, Argon présente Nadia à l'Empereur Néo, qui possède maintenant la Pierre Bleue de Némo. Il s'approprie celle de Nadia, la combine à celle de Némo, et s'en sert pour éveiller la Noah Pourpre.
Le Nautilus a échappé à la destruction grâce à un tunnel souterrain. Electra informe Jean de l'existence d'un réseau souterrain de tunnels sous tous les continents et océans, comme un gigantesque réseau de métro à l'échelle planétaire. Némo ajoute qu'ils doivent maintenant combattre Argon qui s'apprête à gouverner le monde.
Le vaisseau spatial Noah Pourpre, grosse soucoupe volante, fonctionne, et vole : Argon, suivi par Nadia, s'y transfère.
Le Nautilus flotte quelque part sur l'océan, et l'équipage prend l'air sur le pont. Némo et Electra disent à Jean qu'ils sont des Atlantes, venant de la Noah Rouge. Le Nautilus original provenait aussi de ce lieu. Jean se souvient alors de la plaque écrite en langue Atlante que Nadia déchiffra. Electra ajoute que ce nouveau bâtiment est l'Exxilion, mais fut rebaptisé Nouveau Nautilus car des restes du sous-marin ont été rajoutés à ce croiseur, dont le réacteur nucléaire.
Nadia porte de nouveaux habits, qui ne lui conviennent pas. Argon la mène alors dans une grande tour de la Noah Rouge par un tapis roulant. Le long de l'itinéraire apparaît ce qui semble être un grand humanoïde, et est présenté à Nadia comme le premier humain : Adam. Un million d'années plus tôt, les colons extra-terrestres firent des expériences sur l'évolution des espèces afin de créer une espèce dominante sur la planète. Adam fut le prototype de la race humaine. Auparavant, les Atlantes tentèrent une espèce plus intéressante, mais ce furent des animaux aquatiques qui ne pouvaient pas faire grand-chose avec leurs nageoires. En un éclair, Nadia se souvient de l'ancienne et intelligente baleine qu'elle rencontra avec Némo lors de l'expédition du Nautilus au pôle sud.
Dans la cabine de pilotage de l'Exxilion, Electra tente d'expliquer à Jean le chaînon manquant de l'évolution. Utilisant les chaînes comme métaphore de l'évolution des espèces, Electra lui dit que personne n'a compris comment les hommes ont évolués à partir des primates, si ce n'est avec une intervention externe !
La halte suivante de Nadia et Argon est une pièce contenant de larges piliers remplis de fluides conservatifs et contenant plusieurs types de formes de vies. Argon confirme que les humains furent génétiquement créés à partir de singes à l'image des Atlantes.Mais des erreurs furent commises. Éclairant la pièce, il dévoile à Nadia les rejets, et celle-ci en perd son dernier repas. Argon cherche à lui présenter sa vision de la race humaine : rien de plus qu'une erreur de l'évolution qu'il est déterminé à corriger.
Ils s'arrêtent finalement à une longue table rectangulaire à laquelle s'installe Nadia, encadrée par Néo et Argon. Ils lui dévoilent leurs plans : dominer les humains et réclamer la Terre comme propriété des Atlantes. Ils l'invitent à partager ce pouvoir, offre refusée par Nadia.
Elle est atterrée par la révélation que Néo est son frère. Il manqua d'être tué quand le sabotage de Némo détruisit la Tour originelle de Babel, et un corps mécanique remplace celui qu'il a perdu.
Cependant, au dessus de Paris apparaît un large vaisseau spatial qui projète un hologramme de Néo. Les mêmes hologrammes et messages sont retransmis dans toutes les grandes villes du monde. Le message est sans concession : les hommes doivent se soumettre aux règles des Néo-Atlantes, avec Néo comme empereur. Pour appuyer ceci, une Tour de Babel dressée sur la soucoupe fait feu. La vague d'énergie est réfléchie par plusieurs satellites pour recouvrir la Terre. La vague d'énergie s'abat finalement sur un faubourg externe de Paris et le détruit entierement.
L'équipage de l'Exxilion cherche une stratégie pour affronter la menace. Le groupe de Gladys insiste pour participer à la bataille qui s'annonce, leur tank incorporant de nouvelles technologies.
Nadia, cependant, refuse toujours de se joindre à Argon, qui semble connaître un moyen de convertir Nadia à sa cause.
Dans un port, Némo convoque son équipage et demande à chaque personne de choisir librement de se battre, au risque de mourir, ou de se retirer, car ce combat est une vendetta de Némo contre Argon, puis se retire dans la salle de commandement. L'équipage, solidaire, le suit.
Comme le médecin de bord s'engage, sa fille, l'infirmière Icolina, veut le suivre. Il y est résolument contre, lui disant de rester, de se marier et de fonder une famille.
Le groupe de Gladys s'engage aussi. Caius dit au revoir à Marie, bien qu'il soit effrayé un peu par ce qui va se passer.
Comme Némo s'entretient avec l'ingénieur en chef, Jean entre avec Gladys, Titus et Caius et remet à Némo sa casquette de capitaine qu'il a conservé après le naufrage du Nautilus.
Les machines sont mises en marche, et le Nautilus décolle pour ce qui peut être son dernier combat, sous les regards de Marie, Icolina, Attila et Ayrton. A bord, Echo considère sa carte de membre du Fan Club d'Icolina, dont le numéro indique qu'il en est le premier membre. Il éprouve les mêmes sentiments pour elle qu'elle pour lui.
Argon, arborant une armure de bataille, est sur le pont de la Noah Rouge. Impatient de la lenteur des hommes à rendre leur réponse, il décide d'une autre démonstration : la Tour de Babel fait de nouveau feu.
Un autre tir brise la lame d'énergie et détruit le satellite relais, avortant le tir d'Argon. L'Exxilion, responsable de ce tir, apparaît et fait face à Argon.
