Histoire :
Le Nautilus navigue en eaux profondes. Le sous-marin d'Argon est tout proche, proie facile pour le Nautilus. Et comme Jean se dispute avec une Nadia en colère sur l'à propos d'abattre une fois pour toute le sous-marin ennemi, Marie s'évanouit soudain. Caius est dans l'instant à ses côtés, inquiet. Ils amènent rapidement Marie à l'infirmerie de bord, où le médecin leur dit que seul Némo possède ce qui pourrait soigner la fillette. Nadia se précipite immédiatement sur le pont de commandement, d'où Electra tente de la repousser.
Electra : "Nous tenons enfin Argon en joue. C'est peut être la seule occasion que l'on ait de le détruire !"
Nadia : "Qu'est ce qui est le plus important à votre avis ? Tuer des gens ou en sauver ?".
Puis, Nadia s'écroule, atteinte par le même mal qui a frappé Marie. Elle est aussitôt transportéeà l'infirmerie.
Némo a passé la plupart de sa vie à pourchasser Argon, et il est en mesure d'achever sa quête dans quelques minutes. Mais les derniers mots prononcés par Nadia sonnent dans son esprit. Il ordonne l'arrêt de la poursuite et un changement de cap, au grand déplaisir d'Electra. Les officiers de ponts sont visiblement heureux d'avoir fait peur à Argon et se réjouissent de leur prochaines retrouvailles avec son sous-marin, tous exempté Electra !
Le reste de l'équipage reste interloqué quant aux dernières actions prises par Némo. Jean entend parler de Némo et de sa famille qu'il a perdu auparavant. Plus tard, Jean en parle avec Caius et Titus, et Caius lui donne quelques conseils.
Le Nautilus descend profondément dans les noirceurs de la mer, et s'arrête devant une énorme faille. Némo se prépare à sortir hors du sous-marin, accompagné par Jean, Caius, Titus et Attila. Némo leur explique comment fonctionne leur équipement. Caius possède en plus un fusil dotée de mini-torpilles. Ils sont capables de communiquer librement, et d'utiliser leurs phares situés sur le casque. La chambre se remplit d'eau pour pour la pressurisation. Le groupe sort au son d'une cloche, et descend du sous-marin, au bord du gouffre. Gladys, à bord, reste au chevet de Nadia et Marie.
Ils doivent apparemment traverser le précipice pour arriver à destination. Némo tire un harpon vers le bord opposé. Suivant le filin ils atteignent à la nage la paroi opposée d'où Némo extrait quelques cristaux qu'il met dans une boîte. Mais sur le chemin du retour, ils sont attaqués par un poisson géant qui leur bloque le chemin, les obligeant à rester cacher.
Electra surveille les instruments, impatiente...
Némo réalise que le gigantesque poisson est attiré par la lumière, aussi doivent-ils abandonner leurs lampes dans le ravin, afin que celui-ci suive la lumière et libère le passage. Jean est désigné pour cette mission, puisqu'il est le plus agile. Jean envoie les lumières par dessus bord, mais Attila, pris dans les câbles, est emporté. Jean saute après lui, et tous les deux sont près de disparaître, mais c'est sans compter sur Némo qui réussit à les rattraper à l'aide d'un fusil harpon. Jean le remercie de son aide et, finalement, tous regagnent sain et sauf le Nautilus.
Les malades sont guéris, et Nadia est un peu surprise en apprenant les décisions de Némo. Dans le même temps, Némo s'excuse auprès d'Electra pour avoir laissé Argon s'enfuir. Electra hausse les épaules, sûre que d'autres occasions se présenteront de traquer Argon.