Histoire :
Une tempête fait rage à la surface, où le Nautilus flotte. Juste sous le pont, Nadia observe sa Pierre Bleue luisant dans l'obscurité. Elle pense à Némo, et dans sa tête, elle lui demande pourquoi les choses doivent se dérouler ainsi, et n'obtient pour seule réponse que c'est le destin.
Nadia ouvre l'écoutille et regarde en dehors la tempête qui fait rage, et balance à la mer sa Pierre Bleue, ne voulant pas d'un tel destin, causant mort sur mort. Le bijou est happé par une vague. Mais Nadia repère un point lumineux bleu dans les eaux et voit sa Pierre Bleue, volant, lui être retournée. Elle ne peut pas manifestement s'en débarrasser aussi facilement, aussi elle récupère le bijou et referme l'écoutille.
A bord, tous parlent de l'incident de radiation. Un service funéraire est annoncé à l'équipage. Dehors, la tempête se poursuit.
Nadia parcourt le vaisseau et atteint finalement la cabine de Jean, Elle l'éveille et lui demande d'analyser la Pierre Bleue. La structure du bijou est la plus inhabituelle que le jeune garçon ait jamais vue, ressemblant presque à des circuits imprimés. La matière même est la plus dure que Jean ait jamais rencontrée. Nadia lui adresse un simple "Merci" et sort. Plusieurs conversations avec des membres d'équipage lui reviennent en mémoire, du pourquoi de la mort de l'ingénieur au l'obligation qu'elle a de porter sa Pierre Bleue. Tous lui répondent la même chose : pour un futur meilleur.
C'est Némo, maintenant, qui s'approche d'elle, et elle lui pose les questions qu'elle lui posait en imagination. A sa question sur la mort de l'ingénieur, Némo lui répond que tout est sa faute, mais que c'était soit les ingénieurs, soit tout l'équipage qui y restait. En sortant, il voit les corps prêts à être mis en terre.
Le Nautilus approche d'un statue géante. En un long bruit sourd, et comme Némo sort sa Pierre Bleue depuis sa cabine, la statue s'ouvre au chatoiement des Pierres Bleues de Némo et de Nadia, elle aussi active. Le Nautilus entre dans le passage et descent finalement dans un long conduit vertical dans une chambre ornée de hiéroglyphes. Némo leur dit qu'ils sont à Atlantis.
La procession funéraire commence, conduite par Némo. Ils descendent un escalier extérieur en spirale d'une tour vers une cité en ruine, en contre-bas. Jean s'arrête quelques instants pour observer les ruines, et finit par noter un étrange rocher qui dénote dans le paysage. Ce n'est qu'en bas de la tour qu'ils réalisent qu'ils sont au pied de la tour de Babel.
Traversant la cité, ils arrivent à ce qui semble être un énorme stadium, avec de grandes marques en lieu et place des siège et une énorme Pierre Bleue au centre. On rapporte que toutes les personnes qui vivaient ici sont mortes pour cette Pierre Bleue.
Comme la procession poursuit son chemin, Jean aperçoit Echo agenouillé près d'une pierre. Quand Jean le questionne, Echo lui dit qu'il se remémore le bateau auquel il appartenait avant d'embarquer sur le Nautilus. Jean reconnaît au nom du bateau celui qui transportait son père quand il a disparu en mer. Echo lui dit que le bateau scientifique a été détruit par Argon, et que lui, Echo, est le seul survivant de la catastrophe. Jean, au bord des larmes, a ainsi la preuve de la mort de son père.
Maintenant, une fête a lieu, en l'honneur des morts, accompagnée de chants et de danses. Némo observe les festivités en silence, et est abordé par Nadia, qui n'apprécie pas cette organisation. Elle demande à Némo pourquoi lui vit et les autres ont du mourir. Némo s'enfonce dans l'obscurité et répond à Nadia qu'il est le seul à devoir porter la responsabilité et le deuil des ces morts.
Entre temps, Jean parcourt les ruines, tentant de retracer la vie quotidienne de la cité avant sa destruction. Il trouve quelques fleurs poussant dans le sol désertique, fleurs qui semblent être réelles, non artificielles.
Nadia remarque que Jean n'est plus dans les parages et part à sa recherche. Ce dernier est grimpé sur l'un des bâtiments en ruines, il se repose là, contemplant le charme d'une chute d'eau venant d'un vieil aqueduc. Nadia le retrouve ainsi, et tous deux se mettent à parler : apparemment, Jean est lassé de la technologie, surtout si elle doit causer autant de morts et de destruction.
Après un interlude sentimental, ils reprennent le chemin du campement, s'arrêtant au passage des fleurs pour en cueillir une.
Tandis que les morts sont enterrés, et les dernières doléances données, le vieil ingénieur expose ses griefs contre toutes ces pertes, et Nadia cache son visage en larmes dans l'épaule de Jean. Une larme touche sa Pierre Bleue, et, comme en réponse, celle-ci, ainsi que l'immense Pierre Bleue et la tour de Babel se mettent à luire doucement.
L'enterrement achevé, tous regagnent le Nautilus et la mer. Comme le sous-marin réintègre les profondeurs de la mer, l'image de la fleur cueillie par Jean et Nadia apparaît...
