Histoire :
Nos héros sont surpris de constater la présence de deux vaisseaux volants des Néo-Atlantes. Ils se précipitent dans une crevasse, espérant ne pas encore avoir été repéré, mais il est déjà trop tard. Ayrton ne sait pas qui sont les Néo-Atlantes, et le reste du groupe, excédé, l'informe que ce sont des ennemis.
Argon demande à Nadia de se rendre. En guise d'avertissement, son vaisseautire vers une montagne qui est instantanément détruite.
En dépit de la situation désespérée, le groupe du Glatank fait voeu de résister coûte que coûte, sachant que de toute façon, Argon les éliminera. Soucieux de rester en vie, Ayrton se défile, à la grande colère des autres.
Nadia les arrête en clamant son intention de rejoindre les Néo-Atlantes. Elle ne veut pas que quelqu'un meurt en voulant la protéger. Après leur avoir fait ses adieux, Nadia se montre et arrache à Argon la promesse de ne rien tenter contre ses amis. Elle monte alors à bord du vaisseau.
Ayant sa proie à bord, Argon prévient le groupe de s'échapper dans la minute, temps qu'il laisse avant de détruire la cité.
Tous se précipitent vers le tank, pas avant, bien sûr, que Caius et Titus jurent de se venger du diabolique commandant des Néo-Atlantes. Alors qu'Argon ordonne le feu à volonté, Nadia apparait sur le pont, en furie, reprochant à Argon son parjure. Avant qu'elle n'atteigne Argon, elle se retrouve bloquée par les gardes, qui la libèrent sur un geste de leur commandant.
Le vaisseau commence à détruire l'antique cité. Les fugitifs sont dans les catacombes et ont retrouvé le Glatank, mais ils sont encore loin d'être hors de danger.
En effet, le vaisseau amiral piste l'engin motorisé. Ce n'est qu'une question de temps avant que les canons précisent la position du tank pour le réduire en miettes. Et tandis que Nadia proteste, Argon s'adresse à elle en la nommant pricesse, et avance le fait que, ne faisant pas partie de la même race que les fugitifs, elle ne devrait faire que peu de cas pour leur sort.
Le Glatank roule lentement, et Caius informe Gladys que le tank est tellement endommagé qu'il ne peut pas aller plus vite. Titus leur dit que le plafond ne va pas tarder à s'écrouler sur eux ! Et soudain, les voilà surpris par le sol qui s'écroule sous l'engin !
Ils roulent extrêmement rapidement dans un tunnel, à une vitesse telle que Gladys elle même n'en ait le souvenir. Caius freine à mort, en vain. Jean suggère l'utilisation des bras pour les freiner, mais cette tactique échoue, elle aussi. Ayrton craint qu'ils ne s'écrasent contre un quelconque obstacle, bien que Marie apercoive au bout du tunnel de la lumière. Tous exhultent en sortant du tunnel.
Mais le Glatank a débouché dans le vide et plonge dans une abysse, sans ballon et les tentatives de s'accrocher à la paroi se soldent par autant d'échecs.
Alors qu'ils plongent vers une mort certaine, Ayrton réalise qu'il ne retrouvera jamais son Angleterre natale et son train de vie richissime. Marie se demande tout de même pourquoi la chute dure si longtemps...
Ils sont pris dans un champ magnétique émis par un engin volant extrêment avancé technologiquement. Le tank atterit sans heurt sur le sol. S'interrogeant sur leur sauveur, ils voient queqlu'un sortir du vaisseau : tous sont surpris de reconnaitre... Electra, dans une nouvelle combinaison. Elle leur annonce que le capitaine Némo est aussi vivant.
Dans son vaisseau, Argon surprend Nadia avec la même nouvelle. Il suppose que Némo se cache quelque part dans la cité et ordonne le bombardement de celle-ci.
Les rescapés sont menés au Nouveau Nautilus : Gladys est de nouveau prise dans son désir du captiane Némo, tandis que Jean a retrouvé la casquette de capitaine que lui avait remis Némo lors de la fin du premier Nautilus. Ils arrivent sur la passerrelle de commandement où ils découvrent, avec soulagement, que l'équipage entier a survécu.
Le bombardement d'Argon, réduisant peu à peu la ville en cendres, ne cause que des dégats superficiels au Nautilus. Les munitions épuisées. Argon ordonne à sa deuxième station volante de larguer ses bombes.
Le pont du Nouveau Nautilus est laissé dans la pénombre jusqu'à ce que les lumières d'alarme s'allument. Le vaisseau est prêt, mais les systèmes n'ont jamais été testés auparavant. Némo décide qu'il est temps de passer à l'action. Il ordonne le décollage.
Le Nautilus surgit des entrailles de la terre : les bombes d'Argon se heurtent à une barrière invisible protégeant le nouveau vaisseau de Némo. Le vaisseau oriente l'une de ses tours de tirs vers la passerrelle de commandement de l'un des deux vaisseaux d'Argon et fait feu : le tir détruit complètement le vaisseau Néo-Atlante. Les canons se tournent vers le vaisseau d'Argon, et c'est au tour d'Argon de subir un chantage : la libération de Nadia ou la mort.
Sans se démonter, Argon propose ses propres conditions : Némo lui remet sa Pierre Bleue, ou met sa menace à exécution, tuant Nadia dans l'explosion du vaisseau amiral.
Némo donne l'ordre d'ouvrir le feu. Electra, récalcitrante, est prête à s'exécuter mais elle en est empêchée par Jean. Elle se range à ses côtés pour contester l'ordre, tout comme l'équipage.
Défait, Némo sort de sa cachette la Pierre Bleue et défie Argon de descendre la lui prendre. Inexplicablement, son joyau est téléporté hors du vaisseau, et Némo réalise que le seul responsable de ce prodige ne peut être que Néo.
Le vaisseau amiral d'Argon fait feu de tous ses canons sur la Tour de Babel de la cité, détruisant la Noah Bleue et tout ce qu'elle contenait. Puis, elle s'éloigne des lieux, transportant son maître, visiblement amplement satisfait de son triomphe...
